《普通高等教育十一五国家级规划教材:发酵工程原理》基础与前沿并重，《普通高等教育十一五国家级规划教材:发酵工程原理》1～6章主要介绍发酵工程的经典内容，包括菌种来源与种子培养、发酵培养基、发酵过程的基本工艺与控制，以及具有普遍意义的好氧与厌氧发酵的过程原理。7～11章是对经典发酵工程内容的深入和拓展，重点阐述了工程学原理指导下的发酵过程优化与放大，阐述了多尺度参数相关分析原理与方法，生物反应器流场特性与生理特性研究相结合的发酵过程放大，在跨尺度测量分析原理基础上进一步介绍了代谢流分析与测定方法，以及系统生物技术在发酵工程中的应用前景与展望等。随着近年合成生物学的迅速发展，《普通高等教育十一五国家级规划教材:发酵工程原理》也初步讨论了其对发酵工程的影响。