《发酵工程》在编写内容上特别注重理论与实践的结合，并吸纳了现代生物工程的有关理论和应用实例。首先对发酵工程的发展历程、发展趋势进行了概括介绍；然后对微生物物培养与发酵动力学、发酵代谢控制的基本原理与方法、工业微生物的分离、保藏和育种、工业生产用培养基进行了简要介绍，使读者对发酵工程中最基本的知识有一定的认识和了解；之后分别对灭菌、种子制备、发酵罐、发酵工艺的控制、通气和搅拌、发酵产物的分离和精制这一系列发酵工程中较为核心的内容进行了详细的叙述；最后用两个章节对发酵产品和废水处理进行了介绍。