立志成为世界第一的神奇宝贝专家，小智与皮卡丘这回为了挑战城都联盟赛，一则往西方展开了修行之旅。  首先为了完成城都联盟赛的登录，而来到若叶镇的小智一行人竟然被卷入小锯鳄的被盗事件中。还好帮助君沙小姐从火箭队手中抢回小锯鳄后，他们如愿地完成了参加城都联盟赛的登录手续。  在接下来的旅程中，他们遇见新生代的训练师——奈奈与菊草叶，小智摆起一副前辈的架子，不过，还是很高兴有新的对手诞生。  小智的好运气，让他在赫拉克罗斯的森林中，收服了爱吃鬼赫拉克罗斯。而现在，他们正朝着第一个练功场的所在地——桔梗市出发！