《国家抗微生物治疗指南》共分四章，第1章为各种感染性疾病经验治疗（包括预防用药），第2章为各种微生物感染目标治疗（包括传染病和各种特殊病原体感染治疗），第3章为儿童感染性疾病治疗相关内容，第4章为抗微生物药物药理学内容。第1章再按照各系统分别列表，便于临床快速查阅。为了减少各章间的重复，涉及多章节内容时主要编写进入相关性最密切的章。《国家抗微生物治疗指南》编写符合我国临床实际，各章内容尽量参考我国研究成果，特别注重细菌耐药监测结果与临床用药实践相结合，兼顾不同医疗机构用药习惯、药物遴选品种、细菌耐药与感染构成等方面差异，在第1章中提供多种治疗选择，也作了首选与备选药物的推荐；药物主要介绍我国常用药物和国家各种目录药物，确保临床用药符合管理规定；专门邀请儿科专家编写“儿童感染性疾病抗菌药物治疗”和“中国儿童免疫接种”等内容，希望本指南既能满足成人患者治疗需求，也能为儿童感染的防治提供帮助。