表面平静的城市里突然涌现种种怪异的现象：一会儿有“狗人”闹街，一会儿出现疑似新生宗教团体，而这一切，都跟大岭醍哉手上那个“盒子”有关。另一边，得知醍哉正在利用“盒子”做出一些无法挽回的事并试图伤害麻理亚之后，星野一辉决定启用自己的“盒子”，对好友还以颜色。然而，就在两人的“盒子”之战进入紧张阶段之时，一个神秘人物突然现身，而且这个人的容貌与音无麻理亚几乎一模一样。“她”究竟是谁？醍哉和一辉的友情还能恢复吗？麻理亚的命运又会何去何从？《虚空之盒与零之麻理亚5》，极致到极端的善恶之争！