《石室秘录》卷一至卷五上半部分，以治法为纲，依次列举了一百二十八种治法。卷五下半部分论述了五行、脏腑、阴阳、昼夜、四时等十七论以及儿科诊法等。卷六为伤寒、中寒、中暑、水湿、热症、燥症、内伤七门，每门中分别论述了相关疾病的治法，以及血症、腹痛、喉痛等十六种杂症的治法。这种以治法为纲的编写方法，是本书的主要特点。陈士铎在这部书中总结和记录了自己的临证经验，具有很高的临床指导价值。