《石室秘录》卷一至卷五上半部分，以治法为纲，依次列举了一百二十八种治法。卷五下半部分论述了五行、脏腑、阴阳、昼夜、四时等十七论以及儿科诊法等。卷六为伤寒、中寒、中暑、水湿、热症、燥症、内伤七门，每门中分别论述了相关疾病的治法，以及血症、腹痛、喉痛等十六种杂症的治法。这种以治法为纲的编写方法，是《石室秘录（第2版）/中医非物质文化遗产临床经典读本》的主要特点。陈士铎在他的这部书中总结和记录了他的临证经验，具有很高的临床指导价值。 卷一 礼集正医法反医法顺医法逆医法内治法外治法完治法碎治法大治法小治法偏治法全治法生治法死治法卷二 乐集上治法中治法下治法先治法后治法急治法缓治法本治法末治法不内外治法阴治法阳治法假治法真治法男治法女治法虚治法实治法寒治法热治法通治法塞治法……卷三 射集卷四 御集卷五 书集卷六 数集跋