来自真新镇的小智，是一位立志成为世界第一神奇宝贝训练师的少年。他和途中结成伙伴的小霞、小刚一起带着皮卡丘，游走各地训练馆，踏上收集徽章之旅。不过只要是小智他们所到之处，一定会出现想趁机偷走皮卡丘的火箭队，而且每次都引起不小的骚动。上回在蓝普尔其沙滩上举办的“泳装美女与装扮神奇宝贝选拔赛”中，他们驾着潜水艇捣乱会场。港湾近海的水母因为人类开发渡假村破坏了它们的栖息地，而决定向人类复仇。不慎喂水母喝下三杯醋，而让它变得巨大无比，火箭队真是成事不足，败事有余呀！不过小智无惧于这些阻碍，陆续巡回各地训练馆，与训练