立志成为世界第一神奇宝贝训练师的少年小智，从神奇宝贝研究家的大木博士那里获得了皮卡丘之后，随即展开修行之旅。不过，这只皮卡丘一直不愿意进入神奇宝贝球内，是一只与众不同的神奇宝贝，性格内向，怕生人，刚开始小智只有被电击的份，在战斗的过程中，两人的友情才渐渐地发展起来。之后，在途中遇见小霞、小刚这两位同样立志成为最强的神奇宝贝训练师的伙伴，一同踏上冒险的旅程。陆续捉到绿毛虫、比比鸟等等神奇宝