《明代思想史》选目首重作者的首创、和著作影响力，尤其注重选本的稀见性。所谓稀见，即建国后没有再版，且多数图书馆没有收藏，或即便有收藏，也是归于非公开的珍本之列予以保存，普通读者难以借阅。部分图书虽有电子版，但作为学术研究的经典原著读本，纸质版本更利于记忆和研究之用。《明代思想史》精拣版本很早、品相佳的原版图书作为底本，因而还具有很高的版本收藏价值。