《秘密战3000年》共三部，从史学研究的角度演绎3000年世界谍战风云中的经典事件或推论，如聂政刺韩君千年之谜、亚历山大“弑父阴谋说”、昌平君“秦国相国”和“末代楚王”身份的变换、伊丽莎白一世的血腥暗战、犹太商团所拥有的秘密结社组织、圣殿骑士团因富可敌国而惨遭“黑色星期五”、女明星玛塔·哈丽的间谍经历、骷髅会的权力交迭与影子政府、“恩尼格玛”密码的破译、神秘的契卡组织、纳粹德国核计划的终结等。