基因论全面阐述了摩尔根的染体遗传理论，其内容包括遗传学的基本、遗传的机制、突变的起源、染体畸变、基因和染体在别决定方面的作用等。本书不但结了摩尔根小组自己的遗传研究成果，而且对当时已经发现的重要遗传学现象都做出了解释，是孟德尔—摩尔根学派观点的系统展现，其理论是遗传学发展目前的一次大飞跃。现代遗传理论是基于具有一种或多种不同状的两个个体杂交得出的数据推演出的。该理论主要研究个体间呈现出来的遗位代际分布情况。正如化学家定存在看不见的原子、物理学家定存在看不见的电子一样，遗传学者也定存在看不见的基本元素，并将其称为基因。这一类比成立的关键在于，他们都是从定量化的数据中得出结论。这些理论得以成立的前提在于，它们能够帮助我们做出某种基于定量化数据的预测。在这种意义上，基因理论与以往生物学理论的区别在于，虽然以往的生物学理论也定存在看不见的基本单位，但它认为这些单位的质是任意的，基因理论则以定量化数据为专享依据来指定基因单位的质。