《新世纪鲁迅研究论文选》共选入鲁迅研究论文21篇。在总体编排上，主要按照其内容的不同划分为“五四文学视阈的鲁迅研究”、“考释学视阈的鲁迅研究”、“比较视阈的鲁迅研究”、“小说视阈的鲁迅研究”、“散文视阈的鲁迅研究”、“审美视阈的鲁迅研究”等六个专题。在时间跨度上，主要依据其最初发表时间，也就是说，入选论文必须是2001年以后正式发表的。在具体排版格式上，论文最初发表的原版格式有的采用文末文献注释，有的采用下文献注释，不尽相同，《新世纪鲁迅研究论文选》则按出版社要求统一采用下文献注释的形式，同时略去原论文的中英文摘要等部分内容。