《医院信息中心主任实用手册》共分8部分。除开篇外，第1篇医院信息化基础，主要讲述医院信息中心主任必须具备的计算机基础知识、医院信息化基础知识、网络布线、机房建设等工程知识和各种医院信息化所涉及的运行设备的软、硬件技术；第2篇医院信息系统建设，讲述医院信息化的具体目标，医院信息系统的主要流程及特点，卫生部《医院信息系统基本功能规范》对医院信息系统的具体要求、要点；第3篇医院信息化相关标准，介绍医院信息中心主任应该了解的国内外医院信息化建设相关标准；第4篇医院信息系统实施与管理，主要讲述如何做好医院信息系统规划，如何评估系统和选择厂商与产品，如何谈判、签订合同，如何做好医院信息系统的运行及维护，如何对医院信息系统项目进行验收等技能；第5篇医院信息系统的安全策略与维护，介绍医院信息系统安全的重要性，医院信息系统常见故障与维修，以及制订医院信息系统应急方案的方法与案例；第6篇医院信息系统的拓展与集成，阐述医院信息系统的最新技术，如移动医疗、电子标签等，同时介绍医院信息系统的集成技术与方法；《医院信息中心主任实用手册》还将卫生部有关医院信息化建设的重要文件及卫生部《医院信息系统基本功能规范》作为附录，以备查用。