真新镇出身的小智，为了成为世界第一的神奇宝贝专家，现在正进行训练师的修行之旅。为了获得参加神奇宝贝联盟赛的出场资格，他必须向各地的训练馆训练师挑战，目标是取得八枚徽章。一路上多亏同行的小霞、小刚帮忙，小智越发成熟，不过和真正的训练师比还是挺令人担心的。在红莲训练馆中，和火焰系神奇宝贝——鸭嘴火龙，陷入一片苦战中，而总是不听小智话的喷火龙这回终于表现出它的干劲，获得最后胜利，取得第七枚徽章。这一行人往最后一个目的地——常磐训练馆迈进。途中因缘际会，来到水箭龟岛，以及在小霞的故乡——华蓝市中演出一场精彩的水中芭蕾舞，还意外地误闯皮皮的宇宙船……不过，总算快到达常磐市，也快要回到小智的故乡——真新镇了!