《深海大战》（中深层卷）的故事发生在神秘莫测的深海大洋。在不远的未来，对于海洋资源的开发蓬勃发展。其中一部分人最终选择居住在超大型浮体式海洋建筑里，被称为海洋漂泊民，主人公宗像逍就是海洋漂泊民中的一员。为了能下潜到海中持续工作四十分钟，他对身体各处进行了改造，成为被称为“海洋之子”（鱼人）的新人类。“6·11事件”发生的那天，地球的公转轨道和地轴的倾斜突然改变。温室效应骤然停止，取而代之的将是被严寒覆盖的地球。被卷入不知是恐怖袭击还是单纯事故的宗像逍，被势力巨大的海洋漂民集团仙境救起后，成为了最前沿战斗仿生机器人“主神”号的驾驶员。为了生存和复仇，他和战友分别在深海和网络世界中与敌对的海洋漂泊民集团迪亚马特进行了一场场震撼世界的殊死较量……