欧文的父亲冤死监狱，从那之后，欧文的家庭和生活发生了天翻复地的变化。为了阻止别人对母亲的伤害和对父亲的诋毁，为了帮父亲洗清莫须有的罪名，欧文决定接受一个名叫门罗的人的帮助。门罗精通计算机，他可以借助Animus来让欧文探索深藏在他的DNA中祖先的基因记忆，继而找到父亲入狱屈死的真相。在一次进入Animus的探索过程中，欧文意外地发现了失传已久的圣物伊甸园碎片的踪迹。这个消息也让刺客和圣殿骑士这两个争斗数年的神秘组织闻风而来。欧文和同伴们陷入了被两方追杀的危机之中，只有最先找到这个圣物欧文的生活才能有一线生机。在门罗的指导下，欧文和他的朋友们进入了他们共有的、关于祖先的基因记忆：1863年，美国内战最激烈的时候发生的征兵暴动。欧文和他的同伴们将面临严峻的考验，他们在过去的一举一动都将会对未来产生巨大的影响……