《楼兰迷踪之荒漠高楼》讲的是抗日战争时期。日本文物掠夺组织友田社和一股日军不远万里潜入楼兰地区，阴谋掠夺我国文物，并利用当地环境进行细菌实验。国共双方得到情报后，共同组建了一支特遣队，护送中美联合考古队进入该地区，进行抢救发掘；同时加入特遣队的还有美国记者邦妮、中统特工方雁云，以及日军安插的间谍。他们各自抱着不同的目的。共同走向大漠深处。