杨东占著的《创新驱动发展战略研究》以《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》和《中共中央国务院关于深化体制机制改革加快实施创新驱动发展战略的若干意见》等文件为指导，结合我国科技管理和创新能力建设发展实际，分别从科研治理能力现代化、科研管理规范化法律化建设、国家高效科研体系建设、科技创新调查和报告制度建设、科研诚信制度建设、国家科技计划体系整合与重构、中央财政科研项目管理改革、产学研合作与协同创新、创新驱动发展战略研究、教育信息化创新管理、科研管理法制化与政府科技管理职能改革、国家高端智库建设、高等学校创新能力建设等方面，系统地研究了我国实施创新驱动发展战略面临的主要问题、改革的重点和难点，并提出了具体的意见和建议。