用林贤治的话说，《幽暗的航行》所关注的是一批知识分子：一者来自欧美，再者主要是“民国”人物，作者并未着意描画“东西”的殊相，却在极力揭示一种共同的价值观，并以此定义知识分子，即知识分子是反抗者，反抗是他们的信仰，灵魂的旗帜，是有别于一般的文化学者的地方。在这里，反抗首先意味着弱势；其次是思想实践，对既存观念、规范和权力形式的质疑和颠覆。“反抗”可以用来归结《幽暗》一书的灵魂：作者描绘的是一群“自由主义”的反抗者，尽管“自由主义”是个说不清的话题，但在作者的笔下，这种价值观成为他们的精神旗帜或说身份符号。