《医易同源》的前半部分，主要分析和研究的内容有：中医与易经的关系；五运六气的推算方法；四季变化与伤寒、温病、脾胃的关系；药物药性的判断及药物治疗的基本原理；“运、气”与药物药性的关系；中医治病的基本原则与组方原则；以及关于对中医的发展和中西医相结合的思考。《医易同源》的后半部分别是：根据《黄帝内经》中关于“运气”的运行规律推演出的六十年（一甲子）五运与六气的变化情况；年运与六气的变化对气候的影响：气候的变化与疾病产生的关系以及治疗原则等内容。