德川幕府时代，禁教令下长崎海边的村庄，葡萄牙耶稣会教士洛特里哥偷渡日本，暗查恩师因遭受“穴吊”而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。　　《沉默》故事的精髓主要体现在洛特里哥传教与寻访的艰难过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他仿佛也走过一趟恩师的心路历程，获得对信仰的诠释与实践，向无边苍穹敞开了心扉……