《分子生物学软件应用》共包括四个部分。第一部分介绍了计算机软件在核酸序列分析中的应用，主要包括序列格式转换、结构功能分析、克隆与引物设计等；第二部分介绍了计算机软件在蛋白质序列分析中的应用，主要包括理化性质分析、结构预测、三维分子显示等；第三部分介绍了计算机软件在序列比对中的应用，包括BLAST、本地BLAST、多序列两两比对与进化树分析等；第四部分介绍了计算机软件在文献管理与引用中的应用，主要包括文献管理、参考文献的引用等。