《刑事诉讼中的问题与主义》在对司法权的性质进行全面反思的基础上，讨论了司法裁判的行政模式、审判委员会制度，对这些司法制度的深层问题进行了分析和挖掘。《刑事诉讼中的问题与主义》从“坦白从宽、抗拒从严”的刑事政策入手，对长期存在的“义务本位主义”刑事诉讼模式进行了理论总结，讨论了这一模式对中国刑事诉讼制度的广泛影响。针对中国刑事诉讼中所面临的程序实施困境，《刑事诉讼中的问题与主义》还讨论了未决羁押、回避和变更管辖、法院变更起诉罪名、重复追诉和法权救济等五个问题，提出了一些富有解释力的理论思路。最后，《刑事诉讼中的问题与主义》还结合近年来引起广泛关注的律师法难以实施的问题，对中国“立法推动主义”的制度变革道路做出了评价，并对那种自生自发的“司法推动主义”的制度试验模式做出了展望。《刑事诉讼中的问题与主义》倡导一种“以世界眼光研究中国问题”的研究思路，强调既要避免过于主观的法学移植主义，又要克服那种动辄提出立法建议的法对策主义，主张将制度层面的问题转化为理论问题，从而做出学术上的贡献。