《孔子纪（学术思想的启门与文化制度的创设）》从历史元典出发，结合近年来的出土文献研究，对孔子的家世、生平进行了新的考订，在很多关键点上找出了以往的孔子研究和思想史研究未发现的证据，作出了合乎历史文化逻辑的全新推论。《孔子纪（学术思想的启门与文化制度的创设）》的重要学术思想贡献在于深入辨析了孔子与“六经”的关系，在元典中找到并论证了前人未曾发现的孔子删述、整理“六经”的一系列历史证据，并对《尚书》《春秋》《易经》在两千多年的传承过程中被遮蔽的文化和思想内涵进行了新的探讨和论述——《尚书》中所蕴含的一种完美的政治伦理结构：“天一天子一民”三者之间的循环监督制约关系；孔子作《春秋》的两条证据链：“祝史正辞”与“诸侯之策”的历史背景与相应的制度沿革，厘清了孔子作《春秋》的礼乐冲动和史料来源；《周易》是人类文明史上迄今未能得到充分认知的神秘而又完美的形式逻辑系统，孔门传《易》所带来的礼乐之“定”与易学之“变”之间的紧张互动关系。