以前，每天晚上爸爸都会给托马斯讲个小故事，可现在，爸爸去一个遥远的国家参加吸尘器推销员大会了。妈妈从来不讲故事，因为她正忙着照顾她越来越圆的肚子。于是，每天晚上托马斯都到储藏室去，他记得口哨爷爷的话“船长的智慧和大海一样深”他勇敢的驾驶着他的阿巴扎巴号出海航行。在海上，托马斯化身可可船长，遇到了很多奇怪的人和稀奇的事。可可船长和他忠心的小水手考拉一起，展开了一段段扣人心弦的奇幻旅程。