《黑暗护卫舰》讲述的是英格兰少年菲利普的一段激动人心的冒险经历。因为偶然的枪击事件，孤儿菲利普被迫逃离伦敦去航海，他受雇于坎德船长的迪文玫瑰号，在海上经历暴风雨的考验。后来，一伙强盗抢夺了他们的船，菲利普被迫加入海盗团伙，跟着他们去经历一次次生死未卜的抢劫。他历尽千辛万苦，终于逃离海盗船，但是却被当作海盗捕获送往法庭受审。最终，菲利普意外获释，开始寻找新的生活……