《海日楼札丛》共八卷，大致可以分为五个部分，是沈曾植的读书笔记，它所涉及的方面很多，重点在于史、地和音训之学。 《札丛》的第一部分是经学；第二部分是历史与舆地；第三部分是哲学、宗教与与医学等；其最后部分是书法。 《海日楼题跋》共三卷，凡三部分，首书籍版本，次碑帖，次书画真迹；全书重点在第二部分。在这部分中，融会各篇，可以系统地成为沈氏研究碑帖的一家之学。如《礼器碑跋》中谓《娄寿碑》碑估覆本，未尝不粗存形质，然不得为考证之资，关键在于有来历与无来历之别。