故事叙述在美国南北战争时期，有五个被困在南军中的北方人，其中一个还是个孩子，趁着一个机会用气球逃脱了。他们中途被风暴吹落在太平洋中的一个荒岛上，但是他们并没有绝望，而是团结互助，运用大家的智慧和辛勤劳动，从赤手空拳一直到制造出陶器、玻璃、风磨、电报机等等，从而建立起富裕幸福的生活。  他们在一次意外中驯化了一只黑猩猩于普(Jup，又译杰普、朱普)，还挽救了在附近另一孤岛独居了十二年而失去理智的罪犯艾尔通(故事见《格兰特船长的儿女》)，使他恢复了人性，成为他们的忠实的伙伴。  有一次，一群海盗来到了这个岛，并发现了他们的存在，最后他们凭借智慧与神秘人的帮助打败了海盗。  这几个遇难者在荒岛上度过的岁月里，每当危难时刻，总有一个神秘人物在援助他们，这个人就是在他们到达之前就已住在岛上一个岩洞里的尼摩船长(《海底两万里》一书中的主人公、潜水船鹦鹉螺号的建造者)。  这些荒岛上的遇难者虽然什么也不缺，但是他们并没有放弃返回祖国的努力。最后，在一次火山爆发中，这几个人都险些丧命，直到格兰特船长的儿子罗伯特所指挥的"邓肯号"经过那里，才将他们搭救。  回到美国之后，这几个"岛民"又重新开始他们在岛上建立的事业。  整部小说文笔流畅清新，充满了对自然界绚丽多彩、鬼斧神工的景色的细腻生动的描写，流露了对壮丽神奇的大自然的由衷热爱。并且，在充分颂扬了人类与大自然作斗争的伟大创造力的同时，也表达了对大自然的景仰与敬畏之情。  《神秘岛》的成功之处，不仅在于情节的波澜起伏、人物的逼真刻画、幻想和科学的完美结合，更重要的是贯穿于全书中的一种人文主义精神与爱国主义情怀。在这部作品里，作者使他所写的故事情节，在荒岛上人与大自然的搏斗、技术上的创新和从无到有的创造性劳动，都深深吸引着读者。作品洋溢着乐观主义精神，深信人类无穷的创造力和科学的巨大力量将使人类建立一个理想的社会。