《数说北京科技创新》主要采用通用指标和2001－2016年的科技统计数据，以及相关的经济、社会统计数据。对北京科学技术发展做了历史纵向分析，重点反映“十五”、“十一五”、“十二五”时期北京科学技术发展的基本态势和主要特征。由于指标变化等情况，部分指标数据的时间范围有所差异，已在书中注明。对重点指标做了与国内主要省市的横向对比分析，以反映北京科学技术发展的特点，以及在国内所处的位置。