中医药学科史是对中医药学科孕育、创立及发展全过程的概括。全书共分为上、中、下三篇。第一篇为“古代中医药学科的形成”，研究时段为上古至1840年，正文共五章，附论一章。第二篇“近代中医药学科的构建”，研究时段为1840年至1949年，共五章，首先探讨了中医药学科构建的社会文化背景、接着着重论述了中医药教育、学术组织、期刊、医疗机构、各分支学科发展概况，最后描述了影响中医药学科转型的重要事件及相关重要人物的描述。第三篇“当代中医药学科的发展”，研究时段为1949年至今，共七章，从知识体系的科学化、学科架构的系统化、学科理论的独立、科研能力的提升、人才培养体系的完善、国际交流的扩大等方面论述了当代中医药学科的蓬勃发展，探讨了支撑学科发展的学术团体、医疗、科研机构及媒体与出版机构，并回顾了影响学科发展的重要人物及事件。