跨境税收是中国税收体系中很为复杂的部分，一个小小的问题如跨境服务中增值税或所得税纳税义务的判定都十分复杂。而劳务和特许权使用费的区别、常设机构判定、跨境租金、软件所得、靠前运输、间接转让多个境内公司股权、境外税收抵免计算、进出口商品的归类及进口货物税率的适用、海关估价、进出口税收减免及后续监管、出口退税、企业重组中与跨境业务相关的靠前税和海关税收、转让定价等问题所涉及的税务处理就更为复杂。