本教材共18章，分为上篇和下篇。上篇是微生物学，包括10章，其中，第一章至第六章是微生物学的基本知识，第七章至第十章讲述微生物在药学中的意义及其应用技术。下篇是免疫学，包括8章，主要讲述了抗原、机体的免疫系统、免疫应答的机制和过程、免疫学技术及其在医药学中的应用。 在教材的内容设置上，编者力求做到注重知识的基础、成熟和应用，突出应用型人才培养，注重生产和工作需要。由于我国的制药企业大多是以中药制药为主，而且中药在抗微生物感染和调节机体免疫方面有其自身的特点，因此在教材中增加了中药与微生物、中药与免疫的内容，如微生物学与中医药学、免疫学与中医药学、中药与超敏反应、中药与免疫调节、内生菌与中药、中药的微生物转化、中药抗菌作用的特点及机制等。