《魔法数学大战3 秘境追踪》讲述了，李波老师被陋习精绑架了，学校里乱成一团，所有的学生都沉迷于电子游戏当中。为了拯救李波老师，几位少年一起赶走了隐藏在学校里兴风作浪的十二陋习精，并一路追踪，闯人了精灵森林。在这里，洋洋与珠珠遇到了三个十分邪恶的少年，他们居然是被陋习精控制的剑师巳——明珠剑、午——泰阿剑、未——瑶池剑。少年们与陋习精斗智斗勇，最终解救了三位剑师，打败了陋习精们。