小健是一个敏感胆小的孩子，因为身患哮喘，从小远离人群。在医生的建议下，小健和妈妈来到了一座海滨小城过暑假。在这里，小健和一位自称“裤子船长”的老人成为忘年交，并且一起修建他的“裤子号”船。曾经驾船满世界航行的船长，有着一肚子奇妙的历险故事：被世界遗忘的渡渡鸟、流浪到南冰洋的口琴岛、给妖怪治病的苏格拉底医生等等。这些故事深深吸引了小健，和船长相处的日子里，小健逐渐开朗起来，连身体都变得健康壮硕了许多。 可是，暑假很快就要结束了，返回东京的日子越来越近，小健一直藏在心里的想法却越来越强烈……