《神农本经校注》是清末时期研究《神农本草经》有特色的一部专著。全书共收录365种《神农本草经》药物，上卷120种，中卷120种，下卷125种。《神农本经校注》综合了明清两代名家辑本及名家校本，勘定《神农本草经》正文，并案语其下。又附41种药物的专题论述，包括形态、与相近药物的鉴别、释名、使用特点等。由于莫氏擅长训诂之学，对药名文字的形、声、义训释结合紧密，同时还吸收了方言与民俗相结合的训诂方法，对本草的文字学及地域性特征研究具有重要意义。