《抗菌药物临床应用指南(第2版)》共分三章以及附录，即概述、抗感染药简介、常见感染性疾病的抗感染治疗及附录中抗菌药临床应用的有关表格。主要内容为：第一章抗感染药临床应用原则、治疗及预防性应用、特殊生理、病理情况、患者抗感染药的应用；第二章抗感染药简介，主要介绍各类抗感染药物的适应证及应用时注意事项和常用剂量。本章在各类抗感染药前有一简要介绍，包括该类药物的共同特点、主要品种、临床应用要点等；第三章常见感染病治疗原则、在未明确病原时的经验治疗及已明确病原患者的病原治疗。