双循环新发展格局下的科技创新，在科技战略上需要系统从传统外循环主导的开放式创新走向基于自立自强的全面自主创新，从微观企业、中观产业与区域以及宏观政府制度等层面系统变革。在微观企业层面，逐步摆脱过度依赖外循环主导发展模式的外向型开放式创新模式，基于全面自主创新战略逐步掌握关键核心技术。在中观产业与区域层面，进一步将产业链的韧性提升摆在突出位置，强化产业发展的共性技术研发体系与研发能力建设，依托创新链建设突破产业链发展的技术瓶颈，在关键产业尤其是战略性新兴产业上逐步实现国产化替代，提升产业链与供应链的安全性和稳定性，并根据区域发展战略差异化，深度推进面向京津冀、长三角、粤港澳大湾区、成渝等区域的创新协同发展战略。在宏观政府制度层面，进一步厘清双循环新发展格局下政府与市场对科技创新体系建设的作用边界，明确在未来较长一段时期内政府各项制度改革须紧紧围绕培育和提升企业全面自主创新能力这一创新战略目标开展各项工作布局，强化政府在基础研究、共性技术应用与颠覆性技术研究等方面的创新资源配置主导地位，并进一步强化市场在企业创新竞争过程中对于资源配置的决定性作用。