在由科学实验事故导致文明崩塌的废土上，人类的身体发生了不可逆的畸变，人口减少大半。幸存者受到畸变影响，分化成两个种族：身体与机械结合的“械人”，身体与动物基因混合的“兽灵”。随着时间推移，两个种族的文化差异逐渐加大，分别在废土上发展出自己的信仰，但矛盾也逐渐升级，引发冲突不断。 黑瞳石与同伴们进入裂谷后不慎在迷雾中走散，他在寻找同伴的过程中救下了小兽灵弥弥，并准备借助弥弥和裂谷中其他兽灵的帮助和同伴们相聚。但黑瞳石和同伴们正迷路时，分别遇上了重伤鬼麝后闯入裂谷的黑崎八侍替补，并从他们口中得知了鬼麝生命垂危的消息……