性情古怪孤僻的小姑娘玛丽在印度的一次霍乱中失去父母，后被送到她姑夫克拉文勋爵在苏格兰的庄园。庄园里有一座锁住的秘密花园，玛丽在一个花坛里找到了被埋藏的花园门的钥匙。玛丽在锁门的房子里发现克拉文的儿子柯林，他因病魔缠身而不能行动，玛丽不断秘密地看望柯林，又和乡村男孩狄肯一起开拓秘密花园。柯林在玛丽和狄肯的陪伴下开始坐轮椅去秘密花园游玩。最终使得克拉文勋爵和儿子重逢，玛丽也已成为他家庭的一员。