《病原生物学（上册，第3版）》分为医学细菌学、医学病毒学和医学真菌学三篇，每篇先进行总的共性概述，包括生物学特性、致病和免疫机制、微生物学检查、防治措施等，再对一些重要病原体进行详细介绍，有利于学生对教学内容的理解和学习。《病原生物学（上册，第3版）》还适当补充了近年来该领域所取得的新成就和发展较成熟的新策略，尤其是充实了与感染性疾病、免疫性疾病等的发病机制、免疫机制、诊断和防治指导等有关的“三基”内容。同时，《病原生物学（上册，第3版）》的医学微生物学病例内容可加深学生对医学微生物学与临床医学知识的结合。