《分子模拟》(第二版)第一篇为分子模拟原理，在介绍分子模拟的物理和化学原理，如统计力学、力场、能量最小化和量子化学等内容的基础上，介绍了一些模拟基本方法，如Monte Carlo 模拟、分子动力学模拟、介观模拟、定量结构性质关系等。第二篇为分子模拟实验，以具体实例介绍了分子模型的创建与优化、分子性质的计算和分析、势能面的构建、化学反应模拟、分子光谱计算、均相体系和多相体系的分子动力学模拟、固体材料表面吸附行为的Monte Carlo 模拟、粗粒化及介观模拟、定量构效关系预测等内容。为了提高读者的操作能力，本书附有一些计算实例和运行脚本，读者可扫二维码学习。附录为Materials Studio、Gromacs 的简明操作手册，Orgin 自定义函数拟合及构建三维势能面、能量折线图的方法等内容,读者扫描二维码可查看。《分子模拟》(第二版)可作为化学、化工、材料、生命科学、医药等专业高年级本科生和研究生的教材，也可供相关领域的科研工作者参考使用。