《魔法海盗船之海怪的秘密》讲述了金宇突然接到海桐打来的电话，说黑鱼湾出现了一个“大蘑菇头”似的海怪。为了能亲眼目睹这个神秘的海怪，金宇带着同学孟晓第二次来到黑鱼湾。可是当海怪就要出现的时候，金宇却意外地跌入了一个鲜为人知的山洞里。在山洞里，金宇发现了成千上万只令人恐怖的巨大老鼠，还有一个自称是地球球长的大嘴巴怪物。它们正在策划一个企图毁灭整个城市的阴谋。后来，金宇在一个叫“军刀”的老鼠帮助下，逃出了山洞。为了保卫自己的城市，金宇决定向人们揭穿山洞里的阴谋。可是人们不仅不相信金宇，而且还把他说成是一个“精神病患者”。就在这个时候，王婷老师出现了，她向金宇揭开这个秘密——大嘴巴怪物原来是。