《分子模拟与计算机辅助药物设计》由魏冬青、顾若需、连鹏、张涛、王莹编著。基于统计力学的分子模拟算法是连接经典或量子分子模型与生物化学实验观察测量的桥梁之一。计算机辅助药物设计就是利用已知配体一受体作用的生物化学信息和对其物理化学特性的认识，在计算机辅助下研究和优化新配体（假定中候选药物分子）的过程。《分子模拟与计算机辅助药物设计》共八章，内容包括：分子模拟的数学基础、分子模拟的生物信息学基础、分子模拟的物理和化学基础、分子模拟基本算法、蛋白质结构模拟等。详细介绍了分子模拟的数学、生物学、物理和化学基础，分子模拟的算法，蛋白质结构的模拟，药物设计的基本方法和信息系统等内容，并列举了不少药物设计的实例。