一天晚上，吉童做了个噩梦，然后突然将杜里、多乌诺和道奇赶出了家门，究竟怎么回事？杜里心里满是委屈，不由得想起了与自己失散多年的妈妈。于是，杜里整理行囊，决定展开“寻母之旅”，他和伙伴们坐上了多乌诺的时空飞船，回到了两亿年前的恐龙时代。 　　但是，事情并没有想象得那么顺利。刚到恐龙时代，杜里他们就遇到一系列麻烦：先是被霸王龙穷追不舍，后来喜童又被翼龙抓走……好不容易脱了险，回到家，却发现仅剩的泡面被一个自称是古生物学家的老爷爷给吃光了。 　　这位爷爷叫克莱顿博士，他来恐龙时代是为了提取恐龙的基因。听说杜里要找妈妈，他根据杜里的描述为他们提供了线索。于是，杜里他们又穿越到白垩纪时期，并碰巧遇到了克莱顿博士的双胞胎弟弟——斯皮尔。 　　后来，杜里戏剧性地找到了妈妈，还有妹妹小西。可是，正当一家人沉浸在团聚的幸福中时，斯皮尔和他的助手竟把杜里的妈妈和妹妹抓走了！到底发生了什么事？他们为什么要把杜里妈妈和小西抓走呢？原来，这背后还隐藏着一个巨大的阴谋……