作品根据全文所应用的线索——一个关于鼠和人之间关系轮回的传说，可以分为上下两部分。上部分写老鼠大骨头为了家族的生存，与秦麻子在秦村百年未遇的干旱中进行殊死搏斗及雨来在爱城与秦麻子的顽强斗争。下部分从老鼠与人的斗争升华为人与人之间的较量。大骨头的后代转变成人，即鼠人“东郭”，他置身于爱城捕鼠局局长秦天和《真理与真相报》社长西门之间的斗争中，在仇恨中充当着拯救者的角色。他不了解人的社会，最终没能拯救他们。但由于无私和无欲，他在爱城鼠疫中树立起了爱城精神领袖的形象，成了爱城的拯救者和统治者……但他因为顺应对老鼠的残酷屠戮，最终又成了老鼠。