《乐高幻影忍者新冒险漫画故事》内容来源于同名热播动画《乐高幻影忍者》161-192集的内容，涵盖幻影忍者海洋篇和水晶之王篇的故事内容。故事讲述美莎子、吴大师一行人来到神秘岛屿冒险后失踪了，幻影忍者出发寻找，过程中化敌为友，最后不仅成功解救美莎子等人，还结交到了护身符守护者们作为朋友。返回忍者道场之后，妮雅开始无法控制水元素力量，琵克莎和赞意外发现可能是水下脉冲影响到了妮雅。于是众人决定前往水下一探究竟。过程中意外发现了水下世界，以及卡尔玛试图唤醒沃杰拉的阴谋！为了守护幻影忍者世界的和平，忍者们再次齐心协力，共同对抗沃杰拉和卡尔玛。最终，妮雅为拯救众人，舍身与海洋融为一体，就此消失。妮雅与忍者再次相遇，为了把妮雅留在身边，其他忍者铤而走险，找来阿斯皮尔帮忙。妮雅回归后，其他忍者伏法进入监狱。劳埃德却被告知水晶之王正在传召各路反派召开会议，意图摧毁忍者世界！