《中国流域综合管理战略研究》共分为四篇，其中综合研究篇系统分析了中国流域管理的现状、存在问题及原因、流域综合管理相关项目进展，并提出了推进流域综合管理的概念框架与政策建议；涉水部门篇系统分析了水利、环保、发展和改革、建设、农业、林业、卫生等7个部门在流域与水管理方面的机构与职责、法律与法规、项目与计划、政策建议；流域案例篇重点分析了长江流域、黄河流域、淮河流域、松辽流域、洞庭湖流域以及国际河流的流域管理现状、问题与对策建议；涉水领域专题篇有针对性地分析了流域综合管理中的立法、规划、经济手段、科技支撑，以及水资源管理、水环境管理、饮用水标准、环境流量、水生生物多样性保护以及跨地区协调等。