《人机战争(第2季):核爆》讲述继第壹部大战过后，人类死伤惨重，全球经济几乎崩溃。世界各国正忙于治疗战争带来的创伤，却不知超级电脑深空已悄然归来，并秘密控制尚未取出芯片的电脑人成为自己的傀儡，再度不宣而战。突然爆发的战争让人类措手不及，混乱之后以“天罚”“雷神”等行动对抗，欲以核弹、人工地震、雷电风暴、钻地炸弹等手段，将深空主机摧毁，北海道之战一触即发。但是，深空成功将自己拷贝到了人类战舰的主脑之上，它决定用同样的手段对付人类。上千枚核弹降临大地，人类将会迎来怎样的命运结局？