李炫天生长在一个单亲家庭，母亲是著名的物理学家。因为母亲李令子的工作变动，李炫天转学到滨海市的新月街小学四年二班读书。没想到，李炫天因为长相酷似漫画中的名侦探柯南，而被强行拉进少年侦探队中。某日，少年侦探队去滨海丘陵地的一处石岗探险，无意中挖出了一块翡翠刺猬。然而，让他们没有想到的是，它其实是上古文明的遗存，并最终将少年侦探队引领到了海湾中的月影岛上。在得知岛上的魔力博士的惊天阴谋后，少年侦探队决心担负起保卫滨海市的重任。与此同时，神秘的海猿族后裔，乘坐滑翔翼的科学怪客先后登场。他们都经历了哪些磨难？最终又能否成功保卫城市呢？